Sam Witwicky odchází na vysokou školu, kde hodlá v klidu studovat. Znamená to i dočasné odloučení od jeho lásky Mikaely. Jenže v té době se podaří Deceptikonům osvobodit Megatrona z jeho vězení na dně moře a společně s ním na radu vůdce Deceptikonů, pradávného Fallena, začínají svůj boj proti Autobotům a s nimi spojeným lidem.